linskaja (linskaja) wrote,
linskaja
linskaja

Categories:

Интервью вирусолога Евгения Кунина в "Медузе"

Интервью вирусолога Евгения Кунина в "Медузе" 01.05.2020

https://meduza.io/feature/2020/05/01/eto-patologicheskiy-bred

Один из самых цитируемых ученых в мире, вирусолог и специалист по эволюции геномов Евгений Кунин недавно выпустил с коллегами работу, в которой ученые описывают геномные вставки, характерные для наиболее опасных и патогенных разновидностей коронавирусов, в том числе для нового SARS-CoV-2. На фоне повсеместных дискуссий об искусственном происхождении вируса «Медуза» поговорила, пожалуй, с самым известным сейчас экспертом по эволюции геномов — о том, как все-таки появился новый вирус, что мы можем узнать о его происхождении из генома, а что нет, — и как ко всему этому относиться.

Все материалы «Медузы» о коронавирусе открыты для распространения по лицензии Creative Commons CC BY. Вы можете их перепечатать! На фотографии лицензия не распространяется.

Сначала короткая версия

Евгений Кунин: Исследования генома ясно показывают, что никто искусственно эти вирусы не создавал. Любые подобные утверждения — это патологический бред. Мы можем встроить SARS-CoV-2 в генетическое дерево других коронавирусов, они эволюционировали совершенно нормально. Любое утверждение об обратном свидетельствует либо о недобросовестности, либо о безграмотности и патологическом интересе к конспирологии. Если же речь о том, что это природный вирус, который сбежал из лаборатории, то здесь наука бессильна: геномы на эту тему ничего сказать не могут — только следователи.

Не надо обольщаться: мы не можем сейчас конструировать вирусы на компьютере — это слишком сложная система. Мы умеем что-то неплохо предсказывать, но без экспериментов в лабораториях не сможем создавать ни новых вакцин, ни противовирусных препаратов. Вставки в геноме, которые мы обнаружили, есть только у опасных коронавирусов вроде SARS и MERS, но возникли явно независимо в разных ветвях эволюции, а значит, зачем-то они нужны. Мы изучаем, как эволюционирует вирус, но пока вопросов больше, чем ответов.

(Ниже под катом - уже длинная версия интервью, с более развернутым изложением вопроса о происхождении коронавируса - linskaja)

Откуда все-таки взялся вирус и могли ли его сделать искусственно

— Давайте теперь сделаем шаг назад и поговорим о том, что всех так сильно интересует, — проблеме того, откуда вообще взялся этот вирус. Я опишу консенсусную историю, а вы подскажете, где она может быть неверна.

Сейчас она звучит так: есть очень похожие, но все же не идентичные SARS-CoV-2 коронавирусы у летучих мышей. Они постоянно циркулируют в популяциях этих животных, живут в их кишечном тракте, хотя и не доставляют им особых проблем. В частности, эти вирусы исследовала группа Ши Чжэнли из города Ухань, известны последовательности их геномов, все это опубликовано. Подобные коронавирусы циркулируют и у других животных, в том числе у панголинов, причем именно в области S-белка у панголиновых вирусов наблюдается наибольшее сходство с SARS-CoV-2, есть даже важный для инфекции фуриновый сайт, которого не было ни в ближайших коронавирусах летучих мышей, ни в SARS-CoV-1.

В какой-то момент в каком-то хозяине между вирусами панголинов и вирусами летучих мышей произошла рекомбинация. Кроме того, также появились новые аминокислоты, которые позволяют лучше связываться с человеческим рецептором-мишенью. Так произошло объединение разных факторов патогенности, и в итоге вирус смог перепрыгнуть с животного и начать передаваться от человека к человеку.

При этом пока мы совершенно не знаем, как и где произошла эта рекомбинация, то есть как панголиновые вирусы и вирусы летучих мышей встретились в одном хозяине. И кто был, собственно, промежуточным звеном — тем животным, которое заразило первого человека. Все так?

— Тут есть несколько замечаний. Во-первых, все, что вы описываете, вполне соответствует современным представлениям. Второе замечание в том, что я лично и люди из моей лаборатории подробно этот вопрос изучить пока не пытались, поэтому нам нечего сказать здесь принципиально нового. Мы сейчас пытаемся изучать следы рекомбинации, но в более систематическом ключе, безотносительно мышей и панголинов. И, наконец, третье замечание заключается в том, что нужно быть осторожным в рассуждениях о том, кто с кем рекомбинировал, и особенно в каком хозяине и сколько этих хозяев было. Все это не вполне очевидно, потому что сейчас этих вирусов известно слишком мало — как из летучих мышей, так и из панголинов. Завтра может выясниться, что непосредственный прародитель SARS-CoV-2 уже давно размножался в летучих мышах, просто мы о нем не знали, потому что его еще не находили. А может быть, он когда-то перескочил к панголинам. Насколько здесь вовлечена рекомбинация, у меня нет уверенности. В общем, здесь нужно быть аккуратным.

— Вы говорите о возможном происхождении коронавируса очень осторожно, но некоторые ваши коллеги-вирусологи — знаете, сейчас каждый второй неожиданно для себя стал вирусологом, — уже смело установили, что на самом деле SARS-CoV-2 имеет искусственное происхождение. Его, понятно, сделали ученые, не понятно лишь какие: китайские, близкие к группе Ши Чжэнли, или американские, близкие группе Ральфа Барика. Как обычному человеку к этому относиться? Как в этом всем разобраться, учитывая, что теории такого рода излагаются не всегда на обывательском, но порой и на довольно сложном молекулярно-биологическом уровне, со ссылками и всякими сложными словами? Вопрос довольно неприятный, но, мне кажется, важный в свете последствий, которые эти теории могут иметь для регулирования исследований и вообще для репутации науки.

— Я согласен по обоим пунктам: вопрос действительно и достаточно неприятный, и в то же время важный. Высказываться можно исключительно осторожно, и я с самого начала должен подчеркнуть, что не выражаю ничье мнение, кроме своего собственного.

Конечно же, исследования последовательности генома ясно показывают, что никто искусственно эти вирусы не создавал. Любые подобные утверждения — это, конечно, патологический бред. Мы можем встроить SARS-CoV-2 совершенно аккуратно в генетическое дерево других коронавирусов, они эволюционировали совершенно нормально, в их геноме накапливается много синонимических замен, которые не меняют аминокислоты, и происходит это с совершенно нормальной скоростью. Ничего особенного в них нет, никто их искусственно не создавал. Любое утверждение об обратном свидетельствует либо об откровенной недобросовестности, что, конечно же, просто ужасно в данной ситуации, либо о безграмотности и патологическом интересе к конспирологии.

Есть две возможные вещи, связанные с вирусологическими лабораториями. Одна — что это кто-то нарочно создал такой искусственный вирус. Мы можем это исключить, это просто бред, такого не было. Никаких комментариев о том, ведутся ли где-то работы по созданию каких-то вирусов или нет, у меня не будет — я об этом ничего не знаю, знать не могу и не хочу. А вот о том, что эти вирусы никто искусственно не создавал, говорят сами их геномы. Замечу, кстати, что для того, чтобы это увидеть, не нужно никакой особой квалификации, это очевидно.

Подробное видео о том, как устроена работа в наиболее защищенных вирусологических лабораториях в мире — лабораториях класса биобезопасности BSL-4
MicrobeWorld

Однако, конечно же, люди рассматривают и другую возможность, а именно — что в какой-то лаборатории исследователи изучали вирусы летучих мышей, кто-то из них случайно заразился, потом заразил кого-то другого и так возникла вспышка заболевания. Вот в этом вопросе наука, в общем-то, бессильна. Исключить такую возможность сложно — это вопрос для следователей, а не для вирусологов. По этому поводу я не могу сказать ничего, кроме того, что для работы с такими вирусами имеются достаточно суровые требования к биобезопасности и в серьезных лабораториях такие утечки исключительно маловероятны. Но маловероятны не означает исключены, а из самих геномов ничего об утечке мы сказать не можем: мы не можем знать, откуда конкретно был получен вирус, кто первый заразился и так далее. Геномы на эту тему молчат.

— А те вставки, которые вы обнаружили в своей работе, что-то меняют в дискуссии о происхождении?

— Абсолютно ничего не меняют. Никто намеренно никаких штаммов не создавал. Во всяком случае, у нас нет никаких указаний на то, что это может иметь отношение к нынешней пандемии.

— Многих людей, когда они узнают о том, как в принципе изучаются вирусы, беспокоит сам факт того, что ученые иногда меняют их геном, вставляют туда какие-то сайты, проводят рекомбинацию между разными штаммами и смотрят на их свойства. Это кажется каким-то баловством, которое следовало бы запретить. Вы занимаетесь компьютерным анализом геномов и, кажется, лучше всех знаете, что можно узнать с помощью такого исследования, а что придется подтверждать в реальной «мокрой» лаборатории с помощью пипетки. Можете объяснить, зачем вообще нужны такие эксперименты?

— Если мы не будем понимать свойства этих вирусов, то каким образом мы можем, во-первых, разрабатывать противовирусные препараты? Во-вторых, как мы будем предсказывать, какие новые изоляты могут перейти в человеческую популяцию, какие из них будут опасными, какие нет? И, в-третьих, как мы сможем сколько-нибудь серьезно делать вакцины? Конечно, можно делать вакцины и старыми методами (когда выращивается и ослабляется природный вирус), но по современным технологиям, которые подразумевают белковую инженерию, это сделать будет совершенно невозможно.

Чем больше здесь делается нашими, чисто компьютерными методами, тем, может быть, лучше — но еще раз: существуют разные уровни биологической безопасности, есть четвертый уровень с полной изоляцией всего и вся, и он дает самую серьезную гарантию, что вирусы из лаборатории никуда не убегут. Экспериментаторам, кстати говоря, в таких условиях работать очень трудно и неудобно, но им приходится это делать.

Что касается того, зачем вообще что-то изучать, то, понимаете, если ничего не изучать, то и лекарства, и вакцины, и эпидемиологические прогнозы будут оставаться на уровне XIX века. Вы сами знаете, что было в XIX веке.

— Судя по вопросам, которые люди задают, многие полагают, что сегодня все ровно наоборот — настолько все хорошо изучено, что ученые могут, прямо сидя за компьютером, сконструировать работающий геном совершенно нового человеческого вируса. А раз могут — то и делают, понятное дело.

— Это рассуждение, конечно, лестное для биологов, но совершенно неверное. Нет, мы не можем ничего подобного сконструировать. Вирус — это сложная система, даже если речь идет про вирусы с очень небольшим геномом, вроде вируса полиомиелита, который в четыре раза меньше, чем коронавирус. Все равно это сложная система, в ней есть огромное количество взаимодействий между разными частями. Такого уровня, который требуется для такой задачи, наше понимание просто не достигло. Да, мы можем предсказывать какие-то эффекты, но быть уверенными, что мы получим патогенный или, наоборот, непатогенный для человека вирус просто на основе его генома и какого-то компьютерного моделирования, невозможно. Не нужно создавать по этому поводу иллюзий.

— Тем не менее одна вещь биологам точно была понятна, и уже давно — то, что рано или поздно нечто подобное обязательно произойдет. Как в принципе такое могло получиться, что мы оказались совершенно не готовы к пандемии, которую предсказывали?

— Не могу не согласиться, что это было понятно. Но рассуждения на эту тему слишком похожи на прогулку по минному полю. Я могу только осторожно сказать, что политика человеческого общества, вообще наше поведение, во многом напоминает эволюцию с ее локальным движением по ландшафту приспособленности. Наши движения тоже построены по локальному принципу — люди ищут сиюминутную выгоду.

Именно поэтому работы по предотвращению драматических, но долговременных и неопределенных событий всегда трудно организовать. То, как к этому относятся, можно сравнить с изменением климата — все разумные люди понимают, что это большая, серьезная проблема, но выделять на это серьезные деньги очень сложно. Совершенно не нужно быть гением, чтобы предсказать, что пандемия будет, но вот когда и с какими конкретно вирусами, и в какой степени это будет масштабно и драматично — вот это предсказать невозможно. А на основании предсказаний, что когда-то что-то случится, большим организациям действовать крайне сложно. Это все, что я могу на эту тему сказать.

— Как будет развиваться ситуация?

— На вопрос о будущем я, наверное, отвечать не буду. Слишком много неизвестного — предсказывать крайне сложно. Конечно, никаким пророком не нужно быть, чтобы предсказать, что человеческая популяция не вымрет от коронавируса, просто не таковы его свойства. Но какова будет цена вопроса, об этом я рассуждать не стану.

Что касается того, какую роль будут играть ученые, — я не знаю. Может, у меня наивные представления, но мне кажется совершенно очевидным, что они сейчас должны сыграть огромную, гигантскую роль. Конечно, если бы я мог выбирать, я бы предпочел, чтобы никакой коронавирус и никакие другие вирусы пандемию никогда не вызывали. Но уж если это происходит, то в этой ситуации быть вирусологом по образованию и по работе (как я, например) — это хорошо, а не плохо.

Беседовал Александр Ершов








(Другую часть этого очень длинного интервью, начиная с начала, следует читать по ссылке, так как сюда оно уже никак не вбирается - linskaja)

Tags: 2020, коронавирус, мой дайджест
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 3 comments